一级学科下设无机化学、分析化学、物理化学、有机化学四个目录内二级学科硕士点，以及环境化学、化学生物学两个自设目录外二级学科硕士点。

无机化学方向设置“原子簇与配位化学”和“无机材料化学”两个研究方向，主要开展功能富勒烯类材料、功能石墨烯材料、纳米材料、有机-无机杂化材料等功能材料的制备、性质、形貌表征及其应用研究，注重把功能材料的制备与应用研究相结合，开展材料的制备及构效关系研究，为深入探索无机材料的应用开发提供技术贮备。无机化学方向坚持研究课题的前沿性及多学科交叉，研究内容的基础性与应用性相结合。本学科方向的特色在于：（1）立足于原子簇及配位化学，研究功能富勒烯类材料、功能石墨烯材料、纳米材料和席夫碱类化合物等功能配合物的制备及其应用，主要基于材料的特点，对其表面进行修饰形成各种衍生物，开发其在发光材料、分子发光标记物、生物传感器、新型催化剂、贮氢材料等方面的应用研究，如以纳米材料为基材，研究痕量元素和有机污染物的形态分布、形态转化等。（2）有机-无机杂化材料制备及其性质、应用研究：水热（溶剂）法合成制备新型、高维无机功能材料，研究微观结构信息；研究杂化材料在固体荧光、吸附和光催化等领域的应用研究。（3）新型无机纳米材料的制备及其结构、形貌表征；纳米材料在环境污水处理中的吸附性能研究；纳米材料气体传感器的制备及其应用研究，致力于测定痕量的环境污染物。

分析化学方向依托“分离分析科学与技术”福建省重点实验室，以形态分析与生物可给性评价、精细化学品分离分析、生物活性物质分离分析为研究重点，立足闽西南地区(漳州、龙岩、三明)高等教育和经济发展需要，为精细化学品、生物制药、菌物深加工、分析检测、污染治理等相关产业提供人才扶持、技术服务。形态分析与生物可给性评价研究方向应用仿生原理，构建新型器官及生物膜模型，界定检测物的生物可给性，用于中药有效成份群的识别和提取，用于药品和食品的有效性和安全性评价，用于环境污染物的毒性分析；以纳米材料、生物质材料为固相萃取剂，建立分离富集检测实用新技术，用于微量元素和痕量有机物的形态分析。致力于应用HPLC-MS、GC-MS、HPLC、GC等进行药物、农残等的分析；制备了多种手性固定相并应用于手性药物、手性农药等的拆分分析，深入探讨了手性识别机理；研究了不同体系化学发光反应机理及化学发光光谱，高灵敏、简便快捷检测残留痕量药物、兴奋剂等；开展了富勒烯衍生物、光致变色材料及发光分子等的合成及分离分析与应用，并将膜分离应用于精细化学品的制备。生物活性物质分离分析研究方向主要研究蛋白质、DNA等电化学传感器的研制与应用和天然产物中生物活性物质的分离分析新技术。

物理化学方向经过几年的发展，形成几个特色鲜明的研究方向：开展无污染、低成本的新型锂离子二次电池正极材料磷酸铁锂、镍酸锂、锰酸锂研究。利用原子力显微镜、透射电子显微镜、光电子能谱等现代分析手段探讨可充锂电池正极材料的微观结构及容量衰减机理，制备具有初始容量高及循环性能好的材料。与漳州优科能源有限公司合作共同开发动力型锂离子电池。从分子水平开展甲醇燃料电池阳极过程反应机理及动力学以及新型电催化剂材料等关键技术的研究。如用微生物还原法制备出对CO氧化具有优良性能的小尺寸（1～4 nm）Au纳米材料；在分子水平上发展了对电催化反应机理的认识，并能对电催化反应的途径进行控制，提高反应产物的选择性。开展电容器、电化学超级电容器交叉综合的唯象学研究，揭示材料高效率、高容量储存能量在结构上的根本特征，在量子水平上设计制备燃料电池催化剂和电化学超级电容器材料。开展EQCM理论和应用研究，并将其应用拓宽到金属电沉积、半导体的阴极沉积阳极溶出、金属腐蚀机理、有机小分子电催化氧化、生物电化学、阴离子吸附等领域。合成能发红、黄、绿、黄绿、蓝、紫等光的系列蓄光陶瓷材料，并开发发光宝石、发光薄膜、发光陶瓷等工业化产品。

有机化学方向设置手性化合物合成及分离分析研究方向，主要开展手性化合物（手性药物、手性农药、手性催化剂等）的合成、拆分、应用及手性识别机理研究。探讨新型手性主体如手性分子钳等的合成及在分子识别中的应用，合成轴手性化合物联萘酚、联萘酚胺及其衍生物、手性药物中间体等。合成环糊精键合、联萘酚键合、纤维素酯涂覆、环糊精/蛋白质复合手性固定相，并拓展至整体柱，探讨手性色谱柱在萘普生、奥美拉唑、多巴、安息香、色氨酸、联萘化合物等拆分中的应用。利用分子模拟法、热力学方法、色谱保留模型、单晶培养分析等探讨手性识别机理。开展基于联萘基团的新型手性配体的合成与不对称催化研究。有机功能材料研究方向，主要开展有机功能材料如光致变色材料（光敏油墨、光敏涂料、光敏防伪材料）、热敏变色材料（热敏涂料、热敏防伪材料）、药物缓释微胶囊、医学可降解高分子骨架材料、有机/无机复合材料、功能有机高分子膜材料的制备及在有机物/水、有机物/有机物分离中的应用研究等，可为石油化工、精细化工的发展提供相关技术支撑。

环境化学目录外二级学科点于2014年申请设立。该学科点依托“污染监测与控制”省高校重点实验室设置了污染控制化学、环境分析化学与污染生态化学三个研究方向。涉及无机污染物分离分析、有机污染物分离分析、污染物代谢产物分析、污染物形态分离分析等领域。污染生态化学主要研究化学污染物在生态系统中的行为规律及其危害，涉及到环境化学及环境化学物质的结构与活性及其相关的生物化学基础理论。涉及污染物赋存形态和生物有效性、污染物与生物大分子的相互作用、污染物的生态毒性和毒理等领域。环境化学物质的生态效应和健康影响近年来日益受到人们重视。分子水平的生态化学研究也在深入发展。

化学生物学目录外二级学科点依托化学一级学科硕士点、闽南师范大学菌物产业工程技术中心设立，以带动相关学科的发展，并促进学科交叉融合。化学生物学是一门化学与生命科学高度交叉的前沿学科。本学科主要有以下3个特色的研究方向。天然产物化学：福建漳州具有丰富的农业生物资源，加之与台湾一水相隔，形成独具特色的闽台农业生物资源库。本方向利用生物、化学等相关技术，以闽台农业生物资源为研究对象开展基础研究，进行生物资源的提取、分离纯化、结构分析，结合药理学和药效学研究，筛选具有特殊功能的活性成分；并进行结构修饰、衍生合成，深入探讨天然活性物质结构与功能的关系。分子生物学：本研究方向基于生物信号学、系统生物学、基因芯片数据处理方法及蛋白质组学平台，开展对微生物、动物及植物的基因注释、基因表达调控、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、蛋白质互作网络及功能基因的遗传学分析。农产品生产与安全：本研究方向是对农产品生长环境和生长过程中所涉及化学物质（土壤、化肥、农药、激素及自身的营养成分变化等）与人类或其他生物的安全问题研究；农产品贮运和加工过程中生理生化变化以及化学物质调控或添加与人类健康的研究；相关检测技术的研究等。